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目前农村卫生院确实面临着许多困难和问题，主要表现在卫生院体制机制不活、基本职能不明确、投入不足等。市委、市政府非常重视农村卫生工作，2005年7月制定出台了《关于加强农村卫生工作推进城乡卫生事业统筹发展的意见》（市委发〔2005〕31号），建立农村公共卫生经费保障机制，实施农民健康工程。同时加大改革力度，深化乡镇卫生院改革。一是做强中心卫生院。整合人力资源，加强技术力量，使中心卫生院能够满足农民基本医疗服务需求；二是做活乡镇卫生院，核定公共卫生服务内容，科学核定工作量，按实际完成的任务进行考核，以政府花钱买服务形式来进行管理。三是改制卫生分院，乡镇卫生院分院进行改制、租赁、承包。欢迎民间资本进入。同时，实施卫技人员素质提升工程，制定在岗卫技人员培训计划，政府配套经费，用5年时间完成卫技人员的学历教育和继续培训教育，提升卫技人员素质，提高为人民服务的本领。
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